这次新型流感病毒如何被发现的？mNGS首功！

最上属于自己上新型流感病毒是如何被辨认出的？弘原核生可作化学合成（mNGS）首当其功！当年SARS，怀疑过真核细胞、细菌、病毒等病毒感染，最后折腾了很良下才辨认出是流感病毒病毒感染。时至今日mNGS问世，改变了狂犬病分子生可作学的病症上新格局！这次从推病到病症，只有短短几天等待时密切关系！比如说就简单讲解一下mNGS.

已经有三十年，组学集中研究直至是版块，可追溯是生可作信息学，然后是蛋白质组学，时至今日上新兴组学层面则是被认为最有前景的弘生可作信息学（Metagenomics）。弘生可作信息学（Metagenomics）又叫微生可作生态生可作信息学、元生可作信息学，通过单独从生态试样中都提炼出以外部微生可作的DNA或RNA，紧密结合弘原核生可作文库，利用生可作信息学的集中研究策略集中研究生态试样所构成的以外部微生可作的遗传组成、生境机能，并可开推上属于自己生理活开放性微粒（或获得上新开放性状）。

2014年上新英格兰医学杂志报道了一个通过弘原核生可作特别设计监测到救活了一位状况不明、反复推热、兼具癫痫及脑积水症状的14岁小**的案例，这是历史上首个弘原核生可作医学应用出乎意料的案例。文章报道这个除此以外化疗及狂犬病筛查都一定亦会有确诊状况，随后对脑脊凝胶比对mNGS筛查，相结合生可作文档学研究结果辨认出一种可疑的蛔虫leptospira infection，随后针对开放性地使用水杨酸和头孢吡苯甲酸化疗后出院。该开发团队获知这是一种尚能未报道过的狂犬病微生可作。由此，医学弘原核生可作年底应用作微生可作病症拉开了天花板。详细可知：NEJM：上新一代化学合成关键技术起死回生危重病小**

随着开放性状化学合成关键技术的迅猛推展，基于二代化学合成的弘生可作信息学（弘原核生可作化学合成）成为了医学的焦点。弘原核生可作化学合成（mNGS）是综合研究来自病征比对的微生可作和寄主的开放性状微粒（DNA和RNA）的研究方法，应用作多种病毒百日咳疾病的病症、疾病和有益长三时间下分子生可作学研究、人类寄主催化对病毒感染广泛传播的特征化、识别关的病毒。弘原核生可作化学合成（mNGS）描绘出了比对中都假定的所有DNA或RNA文档，从而必均需研究整个微生可作组以及病征比对中都的人类寄主原核生可作或转录组，让病原微生可作无所遁形。

在医学病毒百日咳狂犬病体探索的过程中都，医学医生时常亦会面对上新推狂犬病体并不一定自已、有心病毒感染狂犬病体居然、或者由于监测到关键技术权衡到就让一定亦会监测到到的境况，原先的医学特别设计病症作法与医学的迫切均需求之密切关系还假定着很大的鸿沟。而mNGS (弘生可作信息学二代化学合成关键技术) 在“某种程度”必均需回答医学医生的上述究竟，现先决条件已消除医学病毒百日咳疾病诊的外困难。

mNGS作为一种不均需指导的上新型关键技术，可以集中较快比对病毒感染狂犬病体，相比传统指导研究方法持有极较高持续开放性的同时又与“精细诊疗”的实践相契合。Gyarmati 等在2016年推表的一篇历史文献中都宣称，mNGS可以单独从血凝胶比对中都比对不用指导的、苛养的以及非细菌 (病毒和地衣) 狂犬病体。除此之外，mNGS可以用作传染病预防，兼具单独从医学比对中都获的狂犬病体广泛传播藏宝图的创造力。2014年，Hasman等宣称mNGS可用作尿凝胶比对中都狂犬病体以及乙型肝炎开放性状的监测到，而且不仅乙型肝炎开放性状的监测到结果与药敏实验保持一致，也与基于纯指导可作的以外原核生可作化学合成 (S) 的进化研究结果相匹配。越来越多的案例以及医学集中研究宣称mNGS用作医学病症的可行开放性以及诸多绝对优势，使得mNGS成为理想狂犬病体病症研究方法的“炙手可热候选人”。

mNGS有哪些主要用途呢？

比如说这张图很好地概括和说明了。二代化学合成不仅可以用作狂犬病学监测到，也可以在狂犬病指导后做深达的二代化学合成，甚至以外原核生可作研究。过去主要用作医学的还是医学骨骼狂犬病学监测到，通过监测到可以知道骨骼中都包含的狂犬病体。如果化学合成比率必均需进一步突破，它除了可以把骨骼中都里所有微生可作的多肽测到出来外，也可以把消化系统表达的所有RNA测到出来，努力判断定植或者病毒感染。比如铜绿假单胞菌测到出来后，消化系统有一定亦会有针对它产生炎症催化，还可以判断是定植还是病毒感染，但在此在此之前还在探索先决条件，尚能除此以外未用作医学。

对于融合病毒感染，mNGS也有天然的绝对优势

对于融合病毒感染的病症，与传统研究方法相比，NGS兼具极较高的持续开放性。

然而，在踏上祥和坦途，为医学提供者“一站式”消除方案在此之前，mNGS仍有一段崎岖小山均需艰难前行。首先，面对血凝胶、气喘凝胶、脑脊凝胶、其组织、拭子等纷纷杂杂的骨骼种类，如何建立联系统一的多肽提炼出标准规范使得狂犬病体的监测到精细度边际困难重重。寄主多肽也是不良影响狂犬病体监测到的造就环境因素，在多肽提炼出片段，怎么样做到必要去除寄主多肽，非金属狂犬病体多肽，进而大幅提较高mNGS的灵敏度也是毛病之一。

在化学合成片段，如何依据追捧的狂犬病体种类选择适合于的化学合成策略？如何各种环境因素化学合成深达、交付等待时密切关系以及所均需经济体制运输成本等诸多环境因素？这些原因依然是现先决条件面对的很大的考验。

另外，在实验片段转入质控比对不可或缺。理想的质控应限于作相异病毒感染症候群以及对应的各种比对种类，涵盖乙型肝炎质控、单数质控以及转入狂犬病菌或纯DNA的人工模拟质控比对。然而，mNGS以外面遮盖的研究分析方法属开放性为选取何种狂犬病菌作为乙型肝炎质控缩减了较高难度，医学实践中都又该如何换取经过审批的高容比率单数相异比对也是原因之一。

在生可作文档以外面开放性，近来有集中研究指标了相异的生信研究研究方法的各种环境因素。原先的研究方法不仅迭代假定不同，而且所用的数据源也各有相异，造成在狂犬病体比对战斗能力以及相对数比率级推算以外面开放性出现差别。在mNGS生信研究流程缺乏统一标准规范的但会，使用者基于个人经验、可及开放性以及简便开放性选用生信研究操作系统，亦会对实验复杂开放性以及结果可靠开放性造成影响，成为mNGS的医学标准规范化阻碍。

因此，该集中研究重点项目追捧多肽提炼出和生可作文档研究两个重要片段，对比指标三个人源寄主去除试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种原先商用或非商用生可作文档来进行的各种环境因素。

集中学者采集9个体凝胶 (腹膜凝胶、脓凝胶、关节凝胶、气喘凝胶) 比对和1个骨其组织骨骼进行化学合成，之后分别使用相异的生可作文档操作系统比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于的网站版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 研究操作系统与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出相异比对的下机信息比率及人源核苷酸分之二比不同相当大 (3.5%-98.9%)，其中都人源分之二比与比对种类无关，与每个比对自身的属开放性以及去寄主试剂盒的稳定开放性有关。

本文章涉及的mNGS生信研究操作系统

以指导或MALDI-TOF为金标准规范，集中学者指标推算了每种研究操作系统的狂犬病体比对个数以及其对应的乙型肝炎、假乙型肝炎、持续开放性等数值。在医学实践中都，上新关键技术并不均需要同时具备兼具较高持续开放性和较高乙型肝炎预测到值 (PPV)。使用Kraken和Taxonomer这两个普及的操作系统可以看到其监测到到数十到数百种微生可作，推算获得的PPV极低。虽然设立也就是说漂白对消除这一原因有益，但也就是说究竟设立为多少仍假定争论中。另外，操作系统均需综合使用多个数值，如相对数比率级、原核生可作大小不一、原核生可作遮盖率等特别设计狂犬病菌的比对。

集中学者也在单数质控比对中都查出1%的人苍白链球菌，他们研究苍白链球菌的查出似乎是生态或比对密切关系的污染、化学合成试剂过渡到或生可作文档研究的清晰比对等状况造成。背景菌的原因也在多个集中研究中都被提及，这些查出的狂犬病体在比对中都有否相符假定？污染、定植还是病原如何区分？关键技术研推职员，生可作文档职员、微生可作专家学者以及医学医生也面对着迅速适配的考验。概述说来，在此在此之前mNGS的医学应用面对如下四个考验：

面对如上的考验，我们也巧遇了一系列的究竟。编者本期整理了两个关于mNGS医学专家学者常亦会问到的原因，从现先决条件关键技术推展的角度出推，得出论据如下的尝试开放性解答。

为什么有些比对指导乙型肝炎了、多肽监测到乙型肝炎了、mNGS一定亦会有查出来？这个关键技术是不是不出？

任何医学监测到都要权衡医疗卫生经济体制运输成本，这也是上新关键技术mNGS的顾虑环境因素之一，使得在此在此之前mNGS经济体制运输成本与灵敏度之密切关系并不均需要各种环境因素。医学比对兼具远比较高的复杂开放性，而且很多狂犬病体病毒感染后含比率较低或用药后取样造成狂犬病数比率降低，在仅限信息比率的但会，靶狂犬病由于文档太少而被丢失。

由于这些考验带来的监测到基本上，并不一定就亦会更进一步医学医生过渡到重新认识基本上，所以我们听到医学医生对mNGS机能的不认同的声音。虽然扩展到信息比率是手段之一，但在医疗卫生经济体制运输成本的仅限下总有限度。通过非金属狂犬病菌，加长三化学合成信息比率，进而大幅提较高灵敏度；监测到长三片段，进而大幅提较高特异开放性是我们与医学在此在此之前以及未来冀望的朝向。

医学医生常该系统mNGS监测到结果是一个狂犬病体一览表，到底哪个或哪几个狂犬病才是有关系？

多个狂犬病的查出主要如下两个以外面开放性状况：

mNGS关键技术迭代假定短核苷酸清晰比对，尤其针对外灵长三类动可作更较高的可作种，因此其在这类灵长三类动可作更较高的可作种中都定义意义就打了折扣。如何消除一个短核苷酸同时比较到多种狂犬病体原因呢？在此在此之前我们的研推职员正在较快的开推特征开放性状数据源，多个数据源的竣工将亦会进一步大幅提较高狂犬病菌的准确比对战斗能力。

多狂犬病共病毒感染、 原推病毒感染与继推病毒感染的多狂犬病病毒感染或口腔粘凝胶，肠道粘凝胶封闭体系本身的微生可作多样开放性等状况将亦会造成多种狂犬病体查出。这其实不是关键技术本身基本上，而是医学医学原因。指导研究方法、质谱法研究方法、多重PCR研究方法也亦会查出多个狂犬病体，最终的病症论据并不均需要有医学病症的关的文档介入、也并不均需要医学病毒感染医生的共同参与，不用仅靠监测到消除一切原因。在更好精简报告的但会，多狂犬病体一览表展示出的绝对优势作用在于一以外面开放性提供者似乎的必要藏宝图，另一以外面开放性则有准确完整的医学文档时可以特别设计医学病症。

对于mNGS来说，可以说为狂犬病学病症又打开了一扇上属于自己楼梯间，我们一定要坦率的实践，要了解它的绝对优势和好处，但是拿到结果时要小心求证，掌握上新最前沿。

原始说是：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... Company Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical